达尔文理论的诞生首次标志着科学与宗教的真正决裂。因为自然选择理论的出现使得自然神学家丧失了最后一个重要堡垒。
达尔文的进化论自诞生时起就一直与宗教处于“斩不断理还乱”的纠缠关系之中。本世纪20年代在美国田纳西州所发生的斯科普案件，竟然使进化论与宗教的冲突对簿公堂。70年代以来，这个问题在美国再次掀起波澜，1981年美国路易斯安那州州议会通过一项法律，规定公立学校在教授“科学进化论”时，必须以公允的态度讲授所谓“科学创世论”。后者是以《圣经》作为出发点对地球及其生命历史作出的一番解释。对此，科学家反唇相讥，指责创世论科学其实不是科学而是宗教，根据美国法律规定，一种特定的宗教学说是不能在公立学校的课堂上讲授的。然而，创世论者的态度却是，达尔文进化论也不是科学而是宗教。双方的冲突趋于白热化。
在学校的课堂上讲授牛顿定律、欧氏几何，这似乎是天经地义的事，从来没有人为此而发生过任何争执。讲授进化论，却导致了信仰上的冲突，由此可见，进化论在科学中的地位确实有些独特，或者说尴尬。这是一个不争的事实。于是，有一位研究法律的教授，他力图站在公正的立场上，对这场冲突，作出一个公正的裁决。这就是《审判达尔文》（中央编译出版社，1999年）一书的写作背景。作者P·E·詹腓力自称为写此书，他查阅了《Nature》、《Science》等权威杂志的大量相关论文及其他资料，以此表明他的科学论据是确凿充分的。当然他并未讳言的是，他还是一个基督教徒。这不由得使人想到，现在如果是爱因斯坦的相对论与某一宗教派别发生了冲突，是否会有一位公正的法律教授敢于站出来说，他在仔细研究了爱因斯坦原始论文的基础上，即可对这场官司作出一个公正的裁决呢？这似乎是不可思议的事情，因为相对论（尤其是广义相对论）中那高深复杂的数学公式不要说令一位法律学教授，就是有一般自然科学基础的人也望而生畏，不敢越雷池半步。这又是进化论的一个尴尬之处。
公正地说，《审判达尔文》一书的作者在资料的收集上确实是下了一番功夫的。但是，毕竟他是一位非专业人士，故此对于进化论的“指点江山”难免存在种种误解之处。这自然影响了他对这场“官司”判决的公正性。
作者在本书中列举了许多例子，来说明达尔文理论的基石——自然选择理论的不可靠性。比如，为什么活化石千百万年都保持不变，而它们的表亲已进化到像人这样高等了呢？在作者看来，达尔文主义者对此的回答类似于诡辩，“它们没有进化是因为适当的变异尚未发生，或者因为在‘发生过程中受牵制’，或者说，这些活化石已经对环境有足够的适应。总而言之，它们没有进化是因为它们没有进化”。（见该书，P34）就在这短短的一段话中，反映出作者并没有真正掌握自然选择理论的精髓。作者的潜台词显然是进化论者首先应该假设生物的可变性，并且解释从细菌到鱼到人这一系列进程的必然性，而活化石的存在恰恰违背可变性，违背进化的必然性，由此可以证明进化理论的谬误性，或者更心平气和一些，是不完备性。但现在进化论者却以上述理由进行诡辩或是寻找借口。
然而，仔细阅读一下进化理论的经典著作，就可发现上述的潜台词恰恰是对进化理论的最大误读。本世纪杰出的达尔文主义者G·C·威廉斯在他的经典名作《适应与自然选择》（即将由上海科技出版社出版）一书中指出，自然选择所要达到的最大效果恰恰是基因的稳定性，也就是不变性。换言之，作用于突变率的自然选择仅有一个可能方向，那就是使突变率降到零的频率。在经过数10亿年的逆向选择之后，突变依旧存在这一事实就不需要任何特殊的解释。它无可辩驳地证明了这一原理的存在，即自然选择经常能够产生极其精确的机制，但绝对不能带来完美的机制。需要引起生物学家注意的并不是突变发生的频繁性，恰恰相反，倒是它的稀罕性。活化石的存在即证明了这一点。
然而，许多普通的读者，包括詹腓力本人，都误解了这一点。在詹腓力看来，进化竟可被用来描写完全不同的过程——在同一个种群中，黑蛾、白蛾相对比数的改变可以叫作进化；真正创造性的过程，如制造活细胞、多细胞生物、眼睛和人类的智慧也叫进化。（见该书，P94）他还以活化石作为例子，并将此看作是对进化理论的不利证据，其实这些都只能说明他对进化的真正含义并未领会。必须强调的是，自然选择理论以稳定不变的基因作为选择对象，分类学的单元，如物种、属、科、目、纲等都不在进化论者的考虑范围之中，故此，所谓微观进化（物种以内）与宏观进化（物种以上）的区分也就不具有实质性的意义。而许多创世论者正是抓住这一点大做文章。他们承认微观进化（应该说，这也是他们在立场上的进步），但否认宏观进化，认为这是在经验上不可证实的事情，故而有背自然科学的本质。
在《审判达尔文》一书中，詹腓力还以科学哲学理论作为论证工具。他认为，根据波普尔的证伪主义理论，一个学说若是被不利事实所证伪时，却依然还在那儿狡辩，它就自动丧失作为科学理论的资格。自然选择理论在面对种种不利证据时，似乎总有招架之力。所以，它就是一种伪科学。基于科学哲学的立场，来对进化论的地位作出判决，这似乎是一种极具权威性的做法。但事实上，波普尔的证伪主义理论并不是科学哲学流派中的唯一正宗，继它以后的库恩的科学革命理论就强调在常规科学时期，科学所表现出的恰恰就是对共有范式的维护，是一种十足的保守态度。不过詹腓力也提及了库恩理论，对此，他的态度是，既然现有的事实（化石记录显示出非常广泛持久不变的常态）已与流行范式相冲突，那么，就必须去寻找一个新的范式，而不是像如今的达尔文主义者那样“坐井观天”，闭口不提这些事实。这绝对是一种误解，理由已如前所述。在此值得讨论的是，詹腓力意欲推出的新范式显然就是“创世论”。在他看来，新的“范式”会建议问一些完全不同的问题，寻找完全不同的资料，当然就能突破如今进化论者那种坐井观天式的思维方式。
这就带出一个问题，创世论能否作为科学研究中的一个范式而起作用？为此我们首先必须考察自然科学的性质。现在的科学界已一致认同，对于自然事件进程的解释只能以自然本身而不是以超自然的、神的奇迹作为原因。这就是自然主义哲学的态度。它是自然科学家必须遵守的最低“底线”。另一方面，科学必须要有事实作为证据。或许有人会问，对于这条自然主义哲学原理本身，科学家是否能拿得出过硬的证据呢？对此，哲学史上的有关争论已经告诉我们，对于经验事实的依赖不能推向终极。最初的出发点必须以某一个基本公理（或者说信仰）作为前提，正如几何学体系也是出自于不证自明的公理一样。一个自然科学家完全可以为自己的这一立场进行充分的辩护。而创世论者（如詹腓力）恰恰对这条原理本身也提出质疑，（见该书，P147），这就违背了科学的起码底线，不足为证。
由此可见，创世论科学由于背离了这一起码前提（引入圣经中的奇迹），从而不能充当自然科学研究中的范式。说到这里，有人也许会问，当初牛顿引入上帝的第一推动时，我们似乎并未就此否认牛顿理论的科学性。这是因为科学自身也有一个不断走向成熟完善的过程，正是从达尔文时代起，科学家和神学家一致赞同，上帝不能再作为弥补缺口的工具，自然科学的问题应该由科学本身来解决。所以，今天再来乞求神的设计，就科学的立场而言，只能是一种倒退。当然创世论者也能退回到这一立场，即承认自然选择原理正是上帝创世所用的方式，这样他与进化论其实也就不存在实质性的冲突了。带有这一信念的学者同样可以为进化理论的完善贡献力量。达尔文理论在美国的传播者，牧师阿沙·葛雷，也是达尔文的朋友，就是在这一立场上积极捍卫和传播达尔文理论的。毕竟当科学面对自然规律的终极起因时，只能保持沉默
然而，一个现代意义上的科学家更可能是一个无神论者，当克里克惊奇于生命是如此复杂以致认为它不可能在地球上起源时，他也只是提出一个天外胚种论的假说，而没有把这一功绩直接推给上帝完事。《Nature》（1998，Vol．394）上有一篇调查报告就证实了这一点。其中有一组统计数字颇耐人寻味：在数学家中信上帝者有14．3％，物理学家和天文学家是7．5％，而生物学家中信上帝者比例最低，仅5．5％。这似乎又令我们回到一个古老的话题：这就是科学与宗教的关系。
达尔文理论的诞生首次标志着科学与宗教的真正决裂。因为自然选择理论的出现使得自然神学家丧失了最后一个重要堡垒。同时达尔文本人的信仰也从一个有神论者转变成了一个无神论者。也许是由于继承了达尔文的这一光荣传统，所以在今天的生物学家中，无神论者所占的比例要比在其它科学家中更高。
现在回到我们开头所说的话题，进化论在整个科学体系中的地位似乎有些独特或是尴尬，这不仅是因为它要比相对论之类的物理学多了一副平常面孔，以至一个门外汉也可对它说三道四，而且还因为它直接与我们如何看待自身有关，故常常能成为大众关心的话题。尽管如此，本文想要强调的是，进化论确实是一门科学，正因为它是一门科学，未受过严格训练的非专业人士的裁决当然就不会可靠。但是另一方面，由于进化论所面对的话题与一个人的宗教信仰存在着如此密切的关系，以至在某些人看来，残酷无情的自然选择也许违背了他们心目中的伦理观，在此意义上，我们当然不能强求一个宗教徒一定要放弃他的创世说，因为科学毕竟不能代替信仰。
